Основным направлением работы Фонда стала реализация Благотворительной программы «ЗДОРОВЬЕ – ЛЮДЯМ». В течение 6 месяцев в врачебно-профилактические учреждения и через некоммерческие организации были бесплатно переданы лечебные средства на сумму более 10 миллионов рублей. Данная программа призвана помогать улучшению здоровья народонаселения и повышения качества жизни российских граждан.
Инициативу «Протека» поддержали представители администраций регионов и лечебного сообщества. Более 70 больниц в 28 областях страны получили медикаменты на бесплатной основе, в том числе препараты для лечения онкологических заболеваний и заболеваний сердечно-сосудистой системы. Необходимую помощь Фонд оказал детям-сиротам и детям, оставшимся без попечения родителей. Программа «ЗДОРОВЬЕ – ЛЮДЯМ» была поддержана водящими российскими и иностранными компаниями – производителями медицинских препаратов. ЗАО «ФармФирма «СОТЕКС» пожертвовала в больницы 16 500 упаковок препарата структум, применяемого для лечения заболеваний суставов и позвоночника. Соучастниками Программы «ЗДОРОВЬЕ – ЛЮДЯМ» стали и иные компании – производители медицинских препаратов: Zentiva, Unique Pharmaceutical, ОАО «Синтез», Abdi Ibrahim Ilac San. ve Tic. A.S.
Фонд реализует широкий спектр социально-означаемых проектов не только в здравоохранении, но и в сфере фундаментальной науки, культуры, образования и спорта. С 2005 года Благотворительный Фонд оказывает поддержку Международному конкурсу научных работ по основательной онкологии. Конкурс проводится Российским онкологическим научным центром (РОНЦ) имени Н.Н. Блохина РАМН и предоставляет возможность ученым всего мира внести свой вклад в решение проблемы онкологических заболеваний.
В 2009 году Государственным историческим музеем и Благотворительным фондом «ПРОТЕК» учреждена премия имени И.Е.Забелина в области реставрации музейных предметов и коллекций. 18 мая 2009 года состоялось вручение премии в Государственном историческом музее. На соискание были представлены завершенные проекты по комплексному технико-технологическому исследованию и реставрации уникальных движимых памятников истории и культуры. В первом полугодии 2009 года Фондом также реализованы ряд образовательных проектов и программа по ремонтно-восстановительным работам в храме села Бурмакино Ярославской области.